در فرایند صنعتی ، شیر قبل از دریافت ، در کارخانه به لحاظ کیفی مورد آزمایش قرار می گیرد و در صورت اسیدیته بالا ، بار میکروبی بیش از حد، مواد افزودنی ، آنتی بیوتیک و ... ، شیر خام عرضه شده تحویل گرفته نمی شود .

متأسفانه شیرهای برگشتی و غیر قابل قبول در صنعت ، وارد چرخه تولید غیر صنعتیی شده و بصورت فرآورده های شیری سنتی و غیر پاستوریزه در بازار عرضه می شود .
علاوه بر کنترل های فوق ترکیبات اصلی شیر نیز به لحاظ میزان چربی ، پروتئین ، آب و بار میکروبی جهت پرداخت بهای شیر ، دریافت جایزه بهداشتی و یا جریمه متعلقه مورد آزمایش قرار میگیرد .
شیر آزمایش شده پس از دریافت و توزین ، با عبور از دستگاههای صافی ، عاری از احسام و اجرام خارجی شده و کاملاً تمیز می شود . سپس با استفاده از دستگاههای تبادل حرارتی تا 5 درجه سانتی گراد سرد و در مخازن شیر خام ذخیره می گردد .با توجه به اینکه چربی باید در انواع شیر پاستوریزه پرچربی ، کم چربی و بی چربی استاندارد باشد ، ابتدا چربی شیر خام تنظیم و سپس از پاستوریزاتور عبور داده می شود.
حرارت پاستوریزاسیون برمبنای مقاومت مقاومترین میکروب بیماری زای شناخته شده ، در مدت زمان مشخص تعیین شده است .میزان دما و زمان در روش های مختلف پاستوریزاسیون تفاوت دارد . در حال حاضر روش متداول پاستوریزاسیون در بیشتر کارخانه ها روش تند یا مداوم است . در این روش دما 75 درجه سانتی گراد و زمان پاستوریزاسیون به مدت 15 ثانیه است . شیر پس از طی این شرایط به سرعت تا دمای 5 درجه سانتی گراد خنک می شود .
به منظور جلوگیری از جدا شدن چربی در شیر ، غالباً قبل از وارد شدن شیر به دستگاه پاستوریزاتور ، آن را هموژن می کنند .
شیر هموژن یا همگن شیری است که با استفاده از دستگاههای مکانیکی ، چربی آن کاملاًٌ ریز و یکنواخت باشد .
بسته بندی شیر پاستوریزه
شیر پاستوریزه در بطری های شیشه ای ، پلی اتیلنی ، ظروف پاکتی و یا کیسه های نایلونی چند لایه بسته بندی می شود . چنانچه از بطری شیشه ای برای بسته بندی استفاده شود ، ابتدا شیشه ها در دستگاه های بطری شوئی با استفاده از سود سوزآور و دمای 75 درجه سانتی گراد شسته شده و سپس با آب گرم و سرد کاملاً تمیز می شوند .

نگهداری و توزیع
شیر پاستوریزه پس از بسته بندی به سردخانه منتقل و در حرارت کمتر از 5 درجه سانیت گراد نگهداری می شود و روز بعد پس از بررسی نتایج آزمونها و اطمینیان از صحت عملیات انجام شده بر روی آن با کامیون های مجهز به سردخانه در سطح شهر توزیع می گردد .

زمان ماندگاری شیر پاستوریزه محدود به چند روز است و باید بلافاصله پس از تولید تا هنگام مصرف در یخچال نگهداری شود